色譜柱在色譜儀分析系統(tǒng)中起著分離作用，是色譜分析的核心部件。正確使用和維護色譜柱尤為重要，使用不當就會降低柱效、縮短使用壽命甚至損壞。以下從七個方面簡答介紹液相色譜柱在使用過程中應(yīng)當著重注意的問題。
一、避免壓力和溫度的急劇變化
溫度的突然變化或者使色譜柱從高處掉下都會影響柱內(nèi)的填充狀況；柱壓的突然升高或降低也會沖動柱內(nèi)填料，因此在調(diào)節(jié)流速時應(yīng)該緩慢進行，以保持色譜柱內(nèi)填料的穩(wěn)定性。
二、避免直接改變?nèi)軇┑慕M成
在需要改變檢測樣品溶液組成是，應(yīng)逐漸改變?nèi)軇┑慕M成，特別是反相色譜中，不應(yīng)直接從有機溶劑改變?yōu)槿渴撬?，反之亦然。且在使用次洗脫能力強?洗脫液沖洗色譜柱時，對流路系統(tǒng)中流動相的置換應(yīng)以相混溶的溶劑逐漸過渡，每種流動相的體積應(yīng)是柱體積的20倍左右，即常規(guī)分析需要50~75ml。
三、避免色譜柱反沖
一般來說色譜柱不能反沖，只有色譜柱使用說明書上標明該柱可反沖才可以反沖除去留在柱頭上的雜質(zhì)。否則，反沖色譜柱的影響是迅速降低柱效。
四、避免流動相使用不當而破壞固定相
選擇使用適宜的流動相（尤其是ph），以避免固定相被破壞。有時可以在進樣器前面連接一段預(yù)柱，分析柱是鍵合硅膠時，預(yù)柱為硅膠，可使流動相在進入分析柱之前預(yù)先被硅膠飽和，避免分析柱中的硅膠基質(zhì)被溶解。
五、禁止樣品未經(jīng)處理直接進入色譜柱
避免將基質(zhì)復(fù)雜的樣品尤其是生物樣品直接注入柱內(nèi)，需要對樣品進行預(yù)處理或者在進樣器和色譜柱之間連接一保護柱。保護柱一般是填有相似固定相的短柱。保護柱可以而且應(yīng)該經(jīng)常更換。
六、禁止將緩沖溶液長時間存放在色譜柱內(nèi)
保存色譜柱時應(yīng)將柱內(nèi)充滿乙腈或甲醇，柱接頭要擰緊，防止溶劑揮發(fā)干燥。禁止將緩沖溶液留在柱內(nèi)靜置過夜或更長時間。
七、禁止色譜柱未經(jīng)處理直接封存
色譜柱使用完成之后須使用相宜溶劑進行清潔處理，例如ods柱宜用甲醇沖洗至基線平衡；當采用鹽緩沖溶液作流動相時，使用完后應(yīng)用無鹽流動相沖洗；含鹵族 元素（氟、氯、溴）的化合物可能會腐蝕不銹鋼管道，不宜長期與之接觸；裝在液相色譜儀上的色譜柱如不經(jīng)常使用，應(yīng)每隔4-5天開機沖洗15分鐘。