跨境電商試點在幾個城市啟動后，由于各項監(jiān)管流程的細節(jié)尚在探索中，海關總署也沒有統(tǒng)一版的系統(tǒng)平臺，新系統(tǒng)仍需靠總結試點經驗來建設，于是乎各地電子口岸或經貿委組織下的類似“中間業(yè)務平臺”應運而生，即跨境電商公共服務平臺，也即后來所說的跨境電商“單一窗口”。
各地通過公共平臺的搭建，使之成為電商、支付、物流、倉儲、郵政、消費者與海關、商檢、國稅、工商、外管及相關政府機構之間信息共享的橋梁，完成企業(yè)備案、商品備案、訂單、運單、支付單、物流狀態(tài)及消費者身份等統(tǒng)一信息交換并在電商外貿統(tǒng)計、輔助查驗、風險管控、結匯退稅、地方補貼等管理方面發(fā)揮了重要作用。
以跨境直購進口為例，整個運作鏈條分為幾個環(huán)節(jié):海外商品集采、國際物流(包括海外集貨倉、海外清關以及干線物流)、進境報關報檢清關流程、國內快遞的落地配。運作的前提是相關企業(yè)及商品信息都在海關或跨境電商服務平臺提前進行備案，不少地區(qū)商檢、海關是獨立的，能進入的商品各地政策也有不同。
當用戶下單付款后，國內跨境電商企業(yè)會產生訂單及支付數(shù)據(jù)(或支付企業(yè)提供)為了申報通常還要消費者提供身份信息，物流企業(yè)根據(jù)電商企業(yè)傳輸過來的數(shù)據(jù)。產生運單數(shù)據(jù)，此為“三單”，數(shù)據(jù)會全部傳輸?shù)狡髽I(yè)備案的跨境服務平臺，服務平臺再將數(shù)據(jù)傳輸?shù)胶ｊP管理平臺(海關內網),“三單”和“申報單”進行數(shù)據(jù)對碰，然后海關開始審單。
同時系統(tǒng)布控，海關抽出進行現(xiàn)場查驗，比對數(shù)據(jù)、實物等各項信息。正常訂單經后臺對比后被“數(shù)據(jù)放行”，完成清關，反饋結果會從管理平臺經由服務平臺，發(fā)送給申報企業(yè)。實物清關放行后進行派送簽收。
商品備案后，在進境申報環(huán)節(jié)，申報企業(yè)必須填寫 hscode，海關以此計算稅率。申報主體，通常保稅進口為監(jiān)管場所企業(yè)，直郵進口為國際物流商。
用戶收到的包裹里通常附有《申報清單》，上面不僅包含了消費者購買商品的清單編號、訂單號、訂單信息，還有商品進境和報關的海關名稱、商品原產國，以及身份、稅費等信息，這張清單海關持有一份，消費者一份，表示所購買的商品是經過合法報關清關、商檢檢驗、海關審核的。
無法提供“三單”電子信息的跨境電子商務零售進口商品，按規(guī)定以一般貿易執(zhí)行。理論上，對于發(fā)生在那些沒有與海關聯(lián)網的電商平臺(外國電商網站，如skinstore)上的交易，如果快遞、郵政企業(yè)能夠統(tǒng)一提供“三單”信息，代傳并承諾承擔相應法律責任，那么也適用此政策。
保稅進口復雜在于增加了一個進保稅區(qū)的環(huán)節(jié)，與出區(qū)的申報信息要求類似。按跨境電商新政要求，保稅進口商品不僅要備案，而且如果不在“白名單”里，還要像傳統(tǒng)貿易一樣向海關提交進口許可證件，申報清單內的商品不再免于檢驗、檢疫，直購商品免于驗核通關單。
辦進口許可證與電商市場發(fā)展，完全不在節(jié)奏，所以目前受行業(yè)呼吁暫緩執(zhí)行。但長久來看，入區(qū)申報不會僅僅像現(xiàn)在這樣只備案即可，尤其對于非試點城市，如果要做跨境電商保稅進口，則完全可以按海關1239監(jiān)管碼的新流程來操作。
在征稅方面，早期的跨境電商稅就是行郵稅，稅率低于貿易綜合稅，因此商品價格優(yōu)勢凸顯，成功引導了跨境電商進口的飛速發(fā)展。電商慣用的分單形式達到免征額以下，使實際承擔的平均稅負進一步降低。
試點城市屬地海關會為每票稅額50元以上的訂單形成一份稅單，然后按月為電商企業(yè)形成一份大稅單。這種模式下的進口電商，若定性為個人物品則不允許再次銷售。而實際上許多海淘店類以小型的貿易商，打擦邊球，從海外進貨、在境內轉售。