危害扶芳藤的病蟲害主要有：炭疽病，莖枯病，蚜蟲，夜蛾等。
炭疽病主要危害葉片及嫩梢，在葉片上初期為近圓形小褐斑，后期逐漸擴大成較大的斑。葉緣上病斑呈不規(guī)則形，灰褐色至灰白色，邊緣紅褐色或暗紫色，病斑上有小黑點，被害葉片極易脫落。嫩梢上病斑為橢圓形潰瘍斑，邊緣稍隆起。炭疽病一般4～5月開始發(fā)病，7～8月為發(fā)病盛期，高溫多雨季節(jié)發(fā)生嚴重；平時應(yīng)加強通風(fēng)，適當(dāng)增加光照。在發(fā)病初期噴施70%炭疽福美，75%百菌清500～600倍液，每隔7～8天噴1次，連續(xù)噴2～3次，可交替或混合用藥。
莖枯病主要發(fā)生在一年生的木質(zhì)化枝條上，發(fā)病莖長約5～15mm，病健部分交界明顯，發(fā)病部整個莖干干枯發(fā)灰、縊縮，后期上面生有小黑點，發(fā)病部位以上的葉片凋萎，最后整個枝條枯死。發(fā)病初期見有此病癥狀應(yīng)及時進行藥物處理，必要時應(yīng)把發(fā)病部位及以上枝位都剪去，以防擴大發(fā)病面積。防治可用70%甲基托布津，50%退菌特800倍液進行整株噴施。
蚜蟲主要危害嫩梢，春季及秋季發(fā)生，在天氣干旱少雨、空氣干燥的情況下更易發(fā)生。蚜蟲刺吸嫩梢的汁液，影響其生長速度及觀賞效果。防治可用10%吡蟲啉或啶蟲咪2000倍液噴灑，能起到很好的防治效果。
夜蛾主要取食葉片，幼蟲1～3齡在葉面吐絲拉網(wǎng)，從邊緣取食葉片，使葉片形成缺刻；4齡后進入暴食期，出現(xiàn)背光性，白天棲居陰暗處，傍晚出來取食；幼蟲老熟后即入土化蛹。每年7～10月為盛發(fā)期，藥物防治應(yīng)選在傍晚或清晨進行，幼蟲期及時噴灑bt乳制500～800倍液，2.5%溴氰菊酯乳油3000～5000倍液，20%滅幼脲ⅲ號膠懸劑500～1000倍液。