工程審計的基本流程有八個：一是接受咨詢?nèi)蝿?wù)，做好咨詢計劃；二是接收審計資料，做好清單及信息表；三是熟悉審計資料，進行初步審計；四是現(xiàn)場踏勘，并與相關(guān)單位充分溝通；五是全面審核工作內(nèi)容、對象及重點；六是形成初步審計文件，聽取相關(guān)意見；七是修改初步審計文件，上報領(lǐng)導審批；八是出具決算審計終稿。
(一)接受咨詢?nèi)蝿?wù)，做好咨詢計劃
接受委托方的決算咨詢?nèi)蝿?wù)后，要積極主動的聽取委托方的相關(guān)情況介紹，畢竟這是第一手決算資料。然后做好咨詢計劃，上報委托單位。決算審計咨詢計劃要包括審計本工程的項目組成成員及負責人聯(lián)系方式、擬審核的工作重點、工作計劃安排。工作計劃安排中各流程的時間安排要合理，也要考慮委托方配合工作的時間。
(二)接收審計資料，做好清單及信息表
建立與項目單位的工作聯(lián)絡(luò)關(guān)系并且要求項目單位提供評審相關(guān)資料，根據(jù)擬定的工作計劃時間安排，要求項目建設(shè)單位補充完善資料，如在擬定時間不能提供完善資料，也要煩請項目單位紙質(zhì)版回復不能提供的原因及預計在什么時間能提供，這樣就可以為審計工作不能在合同期限內(nèi)完成決算審計工作，而向委托方提出延期或中止申請?zhí)峁┵Y料。當然在接受資料的時候要做好資料清單，并做好決算審計各相關(guān)單位的聯(lián)系方式信息表。
(三)熟悉審計資料，進行初步審計
將相關(guān)圖紙、資料發(fā)放給各專業(yè)工程師，熟悉了解圖紙及其他文件資料，提出、記錄相關(guān)問題，撰寫評審意見。根據(jù)審計工作重點內(nèi)容，進行初步審計工作。
(四)現(xiàn)場踏勘，并與相關(guān)單位充分溝通
邀請委托單位、初設(shè)評審單位、設(shè)計單位、結(jié)算編制等單位一起對項目建設(shè)地進行實地踏勘，踏勘內(nèi)容一般包括檢查工程現(xiàn)場的管理情況、質(zhì)量情況、進度情況、安全情況等以及現(xiàn)場的相關(guān)單位、人員是否與提供的資料相一致，是否存在資料中未反應的情況，是否得到有效的管理，并對發(fā)現(xiàn)問題的問題現(xiàn)場進行溝通或核實，同時應進行記錄。
在踏勘完成后，在踏勘現(xiàn)場召開踏勘現(xiàn)場會，就熟悉資料期間發(fā)現(xiàn)的問題與相關(guān)單位進行溝通，并形成會議紀要。在踏勘日第二天將會議紀要發(fā)給各踏勘參加單位，并限期要求項目單位回復踏勘會議遺留問題。
(五)全面審核工作內(nèi)容、對象及重點
各專業(yè)工程師應采用全面審查、抽樣審計等方法進行全面審計，還可以運用觀察、詢問和分析性復核等方法，獲取充分、相關(guān)、可靠的審計證據(jù)，以支持審計結(jié)論和建議。
(六)形成初步審計文件，聽取相關(guān)意見
工程審計人員應與審計組的其它審計人員就審計情況進行交流，并對發(fā)現(xiàn)問題的相關(guān)情況進一步核實。溝通審計初步意見前應與發(fā)現(xiàn)問題相關(guān)責任人、相關(guān)人員及部門負責人進行溝通，征求被審計單位的意見，并認真聽取各方的情況說明并如實記錄。
(七)修改初步審計文件，上報領(lǐng)導審批
審計初步意見溝通后，應按征求意見情況對于審計初步意見進行修正，匯報領(lǐng)導并形成最終審計意見。
(八)出具決算審計終稿
根據(jù)領(lǐng)導的意見及審計要求出具工程審計情況的報告。整理工程審計工作底稿，并上交部門統(tǒng)一形成審計工作檔案。