中藥廢水的水質特點是含有糖類、苷類、有機色素類、蒽醌、鞣質體、生物堿、纖維素、木質素等多種有機物；廢水ss高，含泥沙和藥渣多，還含有大量的漂浮物； cod濃度變化大，一般在2 000～6000mg/l之間，甚至在100～11000 mg/l之間變化；色度高，在500倍左右；水溫25～60℃。
化學制藥廢水的水質特點是廢水組成復雜，除含有抗生素殘留物、抗生素生產中間體、未反應的原料外，還含有少量合成過程中使用的有機溶劑。cod濃度大，一般在4000～10000mg/l之間。每噸抗生素平均耗水量在萬噸以上，但90%以上是冷卻用水，真正在生產工藝中不可避免產生的污染廢水僅占5%左右，這部分工藝廢水都罐水，洗塔水，樹脂再生液及洗滌水，地面沖洗水等，排放嚴重超標，主要是cod、bod，其他還有氮、硫、磷、酸、堿、鹽。每噸抗生素產生的高濃度有機廢水，平均為150～200m3，發(fā)酵單位低的品種，其廢水量成倍增加，這種廢水的cod含量平均為15000mg/l左右，抗生素行業(yè)廢水排放量約為350萬m3左右，造成水環(huán)境的嚴重污染。
生物制藥廠大多有冷卻水排放。一般污染段濃度不大，可直接排放，但回用。有些藥廠還有酸、堿廢水，經簡單中和可達標排放。在生物制藥廢水中，*生產廢水有機污染也十分嚴重，綜合廢水的cod含量可達為8000～10000 mg/l，含甲醇、乙醇、甲酸、蛋白質、古龍酸、磷酸鹽等物質，廢水偏酸性。
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